命名
中世纪的人们称这场灾难为“大瘟疫（great pestilence）”、“great mortality ”、“great death”等等。 16世纪及17世纪初，瑞典和丹麦的年鉴第一次用“黑色的”来描述这一事件，不只是因为患者晚期的皮肤会因皮下出血变黑，更确切的是指此事件给人带来灰暗可怕的黑色恐怖阴霾。 直到1750年代，英语中才出现“黑死病（Black Death）”的描述。
病因
鼠疫病理
1346至1351年黑死病的蔓延。
目前解释黑死病成因的主要理论是鼠疫论。鼠疫杆菌是1894年由巴斯德研究所的法国医生和细菌学家亚历山大·耶尔辛在香港鼠疫大流行时发现的，当时传染至印度的瘟疫病因。腺鼠疫（Bubonic plague）与败血性鼠疫（septicaemic plague）会经由与跳蚤的直接接触而传染，其中最主要的一类跳蚤是鼠类身上的印度鼠蚤。许多细菌生活在这些跳蚤的身体中，阻塞跳蚤的胃部并使其变得饥饿。由于无法得到饱足导致跳蚤不断地叮咬宿主。在叮咬与进食的期间，跳蚤胃里的细菌便经由血液流动到开放的伤口中，使得细菌散布到新的宿主身上。此外被感染的跳蚤最后会死于饥饿。然而中世纪时代的黑死病真实菌种与成因已经不可考。
人类的肺炎性鼠疫（pneumonic plague）有不同的传染方式。这类鼠疫是经由血液或肺部受到感染者所咳出的唾液来散布，而这些部位的感染，可能是始于淋巴腺类型鼠疫。以空气为传播方式的细菌，可能被附近的人吸入，造成肺部与喉咙的直接感染，而不需经过淋巴腺。
鼠疫杆菌生活在泥土中，以皮外寄生（ectoparasites）的方式生存于啮齿类与人类身上。Michel Drancourt将这些细菌的生态整理出散布模型。对于草原土拨鼠所做的动物鼠疫（epizootic plague）观察显示，被细菌感染的动物尸体，可能比跳蚤更适合用来解释疾病的传染方式。
关于欧洲地区鼠疫的出现、散布与消失有一种假设：带有跳蚤并受到感染的啮齿类，能够将疾病传给不同物种。最早因贸易活动而经由黑鼠（Rattus rattus）自亚洲传入欧洲；但是到了欧洲之后，又经由褐鼠（Rattus norvegicus）进行更进一步的扩散。棕色的老鼠似乎没有传染性的功能，也没有能力将跳蚤病传染至人类身上而将其致死。老鼠的生态学中有很多错综复杂的事物，例如：老鼠的颊囊竟能和人类的互相影响。所以说起间接性的传染，或者非跳蚤的传染病，颊囊就能分析出病毒的暴发与散播，而导致几个世纪的鼠疫。