其他理论
根据历史学家巴尼·斯隆（Barney Sloane）的说法，黑死病的致病源头并非一般所认为的鼠疫耶尔森氏菌（Yersinia pestis），他举出几个例子以支持他的说法：

老鼠也会感染淋巴腺鼠疫而亡，但他表示从14世纪的历史资料上看，并未发现有大量的鼠类骸骨存在。
据流行病学统计，腺鼠疫的感染个案应随着冬季来临逐渐减少，这是由于老鼠及跳蚤对寒冷的气候较为敏感，数量呈现季节性减少。不过研究表明在公元1348年的英国，黑死病传播速度在冬天大幅加快，显示黑死病的致病源并非一般所认为的鼠疫杆菌，而是一种未知的致病源。（注：冬天传播更快、可能是人的接触增加所致。无需再由鼠传播。所以上述立论难成立）
历史
起源及传播
参见：生化战和中国瘟疫史

瘟疫医生（鸟嘴医生）
起源
黑死病的源头无定论，但一般认为来自亚洲。有研究人员认为该病起源于中国（蒙元）或者邻近地区，譬如元帝国和察合台汗国交接的天山山脉。1331–34年，大元帝国境内曾爆发流行病，河北等地受灾严重，有估计数百万人因此死亡；1344年、1350年间也爆发过疫情。该疾病可能由蒙古帝国军队和商队沿着丝绸之路传播。还有研究人员认为黑死病来自于中亚地区，譬如里海。此外，也有研究人员认为黑死病来自俄国的伏尔加河流域。

2022年6月，刊登于《自然》的研究论文以考古发掘与科学分析推定黑死病源头可能在今中亚国家吉尔吉斯东北部，位于天山山脚下的伊塞克湖附近。该处在1338年至1339年间出现大量墓碑，死因为“mawtānā”（叙利亚语的瘟疫），从墓地埋葬的牙齿遗骸进行DNA比对，其体内含有鼠疫杆菌，且该菌株是透过土拨鼠传染给人类。贸易与战争可能是鼠疫传到欧洲的决定性因素。

传播
1345–46年，蒙古金帐汗国第十一任可汗札尼别的军队在围攻克里米亚卡法城期间，将军队中鼠疫病死者从城外抛到城内（也可能是受感染的老鼠进入城中传播），致使卡法城内的许多士兵和居民染上鼠疫。城内的许多商人不得不弃城西逃，越过黑海到达君士坦丁堡，使得黑死病于1347年夏进入欧洲。其中，拜占庭帝国皇帝约翰六世·坎塔库泽努斯13岁的儿子也感染此病丧生[44]。此后，黑死病传播到意大利的西西里王国和威尼斯共和国等地，并逐渐蔓延至法国、西班牙诸国、葡萄牙王国、英格兰王国、神圣罗马帝国等欧洲各国。

鸟嘴医生
主条目：瘟疫医生
“鸟嘴医生”是黑死病肆虐时期，欧洲各地专门医治患者的医师。他们会戴着具有防传染功能的鸟喙状面具来治疗病患，因此被称为“鸟嘴医生”。这些瘟疫医师往往没受过多少医学训练，也缺乏临床诊断能力；然而由于当时欧洲人手奇缺，因此这些医生是各个城镇相当珍贵的资产。