本故事主要为老师和学生在不到一年的时间所发生的故事概要，对于杀老师过去的故事也有涉及。

四月（第一卷；第1话－第7话）

• 介绍杀老师和椚丘中学3年E班的背景设定。
• 杉野友人、赤羽业、奥田爱美 等的个人回

五月（第二卷到第三卷；第8话－第22话）

• 职业杀手－伊莉娜·叶拉维琪登场，决心以“老师”身份留下暗杀杀老师。
• 第一学期期中考，因理事长浅野学峯的干扰未能达成全班皆进前50名的目标。
• 神崎有希子(校外教学)、自律思考固定炮台的个人回。

六月（第三卷到第五卷；第23话－第36话）

• 前原阳斗、堀部糸成的个人回。
• 伊莉娜的师傅罗夫洛・布洛夫斯基初登场，见识伊莉娜的成长后同意她的留下。
• 球技大赛3-E男生和女生分别对抗棒球社和女篮社，女生饮恨败北，男生获胜。

七月（第五卷到第七卷；第37话－第56话）

• 菅谷创介、片冈惠、寺坂龙马 等的个人回。
• 接替了乌间惟臣训练的工作的鹰冈明登场，被潮田渚击败后，被浅野学峯开除。
• 第一学期期末考。3-E和3-A竞争哪方能得到较多的单科第一名，E班胜出，并得到暑假旅行的资格。
• 第一学期结业。

八月（第七卷到第九卷；第57话－第76话）

• 暑假开始。
• 仓桥阳菜乃、冈岛大河、不破优月、矢田桃花、千叶龙之介、速水凛香 等的个人回。
• 罗夫洛传授“必杀技”给渚。透露现今最强的杀手为“死神”。
• 3-E在普久间岛执行的大型暗杀计划，因杀老师的完全防御形态而宣告失败。
• 第三方势力投放病毒并威胁3-E交出杀老师。3-E潜入靠战术并依序打倒3位杀手。
• 幕后黑手揭晓为鹰冈明，俩人对决时渚居于劣势，渚后用必杀技将之击败。鹰冈明因一连串暴行被逮捕。
• 罗夫洛被“死神”击败，在医院昏迷了一个月。
• 暑假结束。

九月（第九卷到第十一卷 ；第77话－第94话）

• 第二学期开始。
• 竹林孝太郎、茅野枫、堀部糸成、木村正义、原寿美铃、矶贝悠马 等的个人回。
• 导入跑酷、火药技术。
• 杀老师被误为偷内衣的犯人。后揭露为白先生引出杀老师的阴谋。但糸成不敌杀老师而被白舍弃。
• 体育祭倒杆比赛。

十月（第十二卷到第十三卷 ；第95话－第111话）

• E班因为沉迷于力量而得意忘形，在城中使用跑酷，结果失误弄伤一位路过的托儿所园长。为了补偿园长的损失，E班要到托儿所代替园长教导小孩。其后E班重审力量的定义，了解到力量也可以为他人使用。E班因为到托儿所教导小孩，没有时间准备期中考试而惨败。只有业有在暑假期间预习过而得到全校第2的好成绩。E班和A班约定在期未考进行最终的对决。
• E班得到新款式且更耐用的体育服。
• 比琪被死神视为猎杀目标，后被死神绑架。E班为了拯救比琪，和死神正面冲突。最后乌间在杀老师的协助下打败死神。
• 三村航辉、中村莉樱的个人回。
• 本部长透露在3月世界各国会有惊人的“最终计划”。
• 白和落败的死神接触。

十一月（第十三卷到第十四卷；第112话－第120话）

• 潮田渚的个人回。
• 学园祭开始，E班和A班再度对决。和E班有关系的旧角色来捧场E班的餐厅。销售额排行为A班第一，E班第三。
• 浅野学秀和理事长的理念开始分歧。第二学期期末考开始，理事长亲自教导A班课业。学秀想阻止理事长疯狂的行为而向E班求助，希望能给父亲和伙伴正确的败北。

十二月（第十四卷到第十五卷；第121话－第133话）

• 第二学期期末考开始，E班目标全班进前50名。
• 理事长浅野学峯的过去揭晓。
• 茅野的真实身份揭晓。
• 杀老师身份公开，亲口说出自己曾是世界第一杀手－－死神。

两年前至一年前（第十六卷；第134话－第136话）

• 死神（杀老师）因二代死神背叛被捉，并和雪村老师相遇。

前一年的三月（第十六卷；第137话－第140话）

• 死神（杀老师）和雪村老师约定好，要帮他教导3-E的学生。

一月（第十六卷－第十八卷；第141话－第153话）

• E班知道杀老师过去后，失去杀死他的动力。
• 渚向全班同学提出要寻找拯救杀老师、不让他在三月爆炸的方法，以此为开端，班上同学分裂成拯救杀老师的“拯救派”，以及主张继续进行暗杀的“暗杀派”。双方在杀老师的提议下进行了一场生存游戏，来决定是否要继续暗杀。最后拯救派获胜，但乌间老师设下时间限制，拯救方法只能在一月找。不论结果如何，都要继续暗杀。
• E班从国际太空站窃取拯救杀老师的研究方法并由渚和业上太空窃取拯救杀老师的数据，得知爆炸风险与生物大小成反比，个头越大越稳定；再加上使用某药物促进硅化物的流动，爆炸的可能性不到1%。其药物奥田曾经做出来过。
• E班决定在毕业之前全力暗杀，做好会因为暗杀得到什么或失去什么的觉悟。

二月（第十八卷－第十九卷；第154话－第161话）

• 高中入学考试逼近，杀老师要E班思考在从暗杀教室毕业后的出路。
• 渚心中涌现当老师的志向。
• 柳泽和二代死神联手要在三月杀死杀老师。
• 冈野日向的个人回、情人节。

三月（第十九卷－第二十一卷；第162话－178话）

• E班全体考上第一志愿或第二志愿的高中。
• 渚确定要成为老师。
• 最终暗杀计划发动，政府抺黑杀老师。杀老师躲过第一击，但被困住无法离开校舍，下一波攻击在3月12日（杀老师爆炸和E班毕业前夕）。
• 为了再见杀老师一面，E班潜入山中，E班和杀老师重逢。
• 杀老师认定自己在最终暗杀计划前没有生还可能。并劝E班接受社会的现实，不要想反社会，有时要隐忍另寻出路。
• 柳泽和二代死神登场，两人都触手化意图杀死杀老师，但被杀老师击败。
• E班决定要亲手杀死杀老师，由渚给最后一击。杀老师点完E班最后一次名作为道别，在渚的刺击下笑着化为白光死去。

毕业7年后（第二十一卷；第179话－180话）

• 乌间和比琪结婚。
• 茅野以磨赖榛名名义复出演艺圈。
• E班没有建立杀老师和雪村老师的墓，而是把有过他们的E班校舍当作随时可以回来怀念的场所。
• E班用暗杀教室所学习的一切延续到社会和未来。
• 渚到不良学校——极乐高中，教育实习，用了暗杀技巧和杀老师相同的开场白开始授业。

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