来历
冯梦龙《醒世恒言》第十三卷《勘皮靴单证二郎神》说北宋汴京已有“清源真君二郎神”庙宇，《宋史》载：“宋徽宗政和七年（1117年）诏修神保观，俗所谓“二郎神”者。京师人素畏之，自春及夏，倾城男女负土以献，揭榜通衢云某人献土；又有饰形作鬼使，巡门催纳土者。或以为不祥，禁绝之。后金人斡离不围京师，其国谓之“二郎君”云。
二郎神的来历有诸多说法，目前以李二郎与杨二郎两说最为广为流传。张政烺认为二郎神是将几种民间俗神，如李冰之次子、赵昱、张仙、杨戬混合而成的：
李二郎：秦朝李冰的第二个儿子，曾协助父亲斩杀蛟龙，平定水灾，被称为“灌口二郎”并设祠祭祀。
蚕丛后裔：道书《灌江备考》记载“二郎为蚕丛之后，故其目纵。”
赵二郎：隋朝嘉州太守赵昱（即青城山道士赵昱）也因为斩杀蛟龙，被称为灌口二郎神，被宋真宗封为清源妙道真君。
邓二郎：晋朝襄阳太守邓遐，因曾经入水斩杀沔水蛟龙，被人尊称为“二郎神”，死后被尊为清源妙道真君。
谢玄：晋朝名将，曾在淝水之战之中打败前秦可汗苻坚，保持了汉族一线生机。怀念他的百姓尊其为二郎神（谢安则称为老郎神）。
独健：根据唐朝传说，独健是四大天王北方多闻天王的二子。相传在唐玄宗期间协助唐军于安西遭围城时战胜敌军。
杨二郎：登场于《西游记》，昭惠灵显王二郎姓杨，为玉皇大帝的外甥。法力高强，能够七十二变，曾帮助天庭捉拿大闹天宫的孙悟空。《封神演义》登场的清源妙道真君・杨戬沿用了《西游记》中二郎神的部分设定，但除去了玉帝外甥的身份与年轻形象。
华山二郎：华山地区的神话人物，品行不佳，是沉香故事中的主要反派。被融合至二郎神形象，即是二郎神与沉香恩怨宝莲灯的故事情节。
三只眼争议
清代以前的二郎神，并无三只眼的叙述。直到17世纪后期至18世纪(约公元1650年以后)，才出现“三眼二郎”之说，至于二郎神为何有三只眼？何时有三只眼？皆已不可考。引来清代文人学者们的疑惑与批判。
与祆教的关联
《十国春秋》记载，五代时，前蜀皇帝王衍“披金甲，冠珠帽，持弓矢而行。百姓望之，谓如灌口祆神。”唐末五代时灌口便有披甲持弓的神像，便是由这条史料获知。中山大学教授黎国韬考证此“祆神”即波斯的火祆教神祇，他在《二郎神之祆教来源》一文中认为，二郎神之形象：三眼、手持三尖两刃枪、牵一哮天犬、可以变化成三头六臂，与祆教风神维施帕卡神（Vayu-Weshparkar）正相一致。维施帕卡的形像为：三头六臂、身披甲装、手执山型叉、臂上画有尖齿犬头，与文学描写中二郎神形像极为相似，这是祆神与灌口二郎神有关之一证。故推测二郎神之原型应是隋唐时从西域传入中原的波斯神灵，其后才逐渐本土化。且十国前后蜀人信奉火祆教，其形像又与元明淸以来小说、戏曲中之二郎神相似，表明祆神形像对二郎神形像之形成有很大影响。