東南亞在20世紀前也被歐洲人稱為東印度。中國歷史上則稱該地區為“南洋”。由於中國與印度次大陸之間的地理位置和鄰近地區的文化影響，東南亞大陸部分被歐洲地理學家稱為印度支那。然而在20世紀，這個詞更加局限於前法屬印度支那領土（柬埔寨、老撾和越南）。
至於“東南亞”一詞在1839年由美國牧師霍華德·馬爾科姆（Howard Malcolm）在他的“東南亞旅行”一書中首次使用。馬爾科姆的定義只包括大陸部分，排除了海洋部分。二战时期，一词因此被广泛使用。SEAC推廣使用該術語“東南亞”，然而東南亞早期構成的概念卻不是固定的，例如菲律賓和印度尼西亞的大部分被SEAC排除在外。到了20世紀70年代後期，“東南亞”一詞的大致標準用法及其所包含的領土已經出現。