印尼群岛分布于北纬6度、南纬11度，东经95度至141度之间，赤道贯穿全境，东西达5,300公里，南北约2,100公里，位居亚洲大陆及澳大利亚间，为太平洋、印度洋间要冲，在全球战略上居重要地位。印度尼西亚约由17,508个岛屿组成，其中6,000个有人居住，较大的岛屿有爪哇岛、苏门答腊岛、婆罗洲（印尼称加里曼丹岛，岛上有部分地区属马来西亚及汶莱）、新几内亚岛（岛上有部分地区属巴布亚新几内亚）及苏拉威西岛，岛群大致上可分为大巽他群岛、小巽他群岛、马鲁古群岛及巴布亚四部分，首都雅加达位于爪哇岛上，为印度尼西亚最大城市，其他主要城市有泗水、万隆、棉兰及三宝珑。

印度尼西亚全国面积为1,919,440平方千米（741,100平方英里），为世界上面积第16大的国家，人口密度为134人/平方公里，居世界第79位，爪哇岛为世界上人口最多的岛屿，该岛人口密度达940人/平方公里。巴布亚省的查亚峰为全国最高点，苏门答腊的多巴湖为最大湖泊，最长河流为位于加里曼丹的卡普阿斯河。

印度尼西亚位居太平洋板块、欧亚大陆板块、印度-澳大利亚板块的交界带(环太平洋火山带)，因而印度尼西亚具有众多火山且地震发生频繁，全国至少有150座活火山，包括于19世纪毁灭性爆发的喀拉喀托火山及坦博拉火山，而多巴超级火山于7万年前曾经爆发，为历史上最大规模的爆发之一，并造成全球性灾难。近期地震灾难如2004年印度洋大地震即在北苏门答腊造成约167,736丧生及2006年5月爪哇地震等。但火山灰肥沃土壤对于农业有相当贡献，并支持爪哇岛及峇厘岛高密度的人口