宫崎骏在1941年1月5日出生于东京都文京区，在四个兄弟中排名第二，父亲是宫崎家族经营的“宫崎航空兴学”的职员。直到1945年第二次世界大战结束为止，宫崎骏度过了相当自由的幼年生活。由于身体不好，故不擅长运动，也因此对静态的绘画很有天分，特别对于飞机感到兴趣，并成为终身的爱好，他后来许多作品当中都反复出现飞行的概念。

宫崎骏的母亲十分爱好读书，并经常对社会产生质疑；而宫崎骏也是一个喜好读书的人，对手冢治虫、杉蒲茂的漫画很有兴趣，尤其最喜爱福岛铁次的绘本《沙漠的魔王》。因为母亲需要进行肺结核的治疗，所以宫崎骏全家经常搬家

宫崎骏全家在1944年全家移居到栃木县的宇都宫市和鹿沼市，从1947年开始在宇都宫市的一所小学就读，4年级时回到东京，就读杉并区大宫小学，5年级时则转到由大宫小学新成立的支校永福小学。他在1953年从小学毕业，进入大宫中学就读，高中则进入都立丰多摩高中，并开始学习绘画。

1958年因为东映动画《白蛇传》（日本第一部彩色动画长片） 而开始对动画产生兴趣。1959年考入学习院大学政治经济系，主攻日本产业论。由于当时的大学还没有漫画社，因此加入性质最接近的儿童文学社(儿童文化研究会)" ，并编导了几出人偶剧。大学期间热衷创作漫画，累积了数千张画稿。

在此时，宫崎骏也在思想上开始倾向社会主义，在苏联解体时，他的左派思想也受到很大冲击，宫崎骏在1994年连载完漫画《风之谷》后，决定放弃马克思主义。但是对劳动者和革命的肯定立场一直没变。

不会将脚本、结局一次写好，多采用一边制作、一边决定剧情下一步内容的即兴方式

宫崎骏的动画电影大多涉及人类与自然之间的关系、和平主义及女权运动，他的作品也经常出现飞行、儿童心理及青春期的思想剧情创作上

不喜爱好莱坞电影中非白即黑的善恶二分法，也曾批评过电影《夺宝奇兵》及小说《魔戒》里头非我方即杀无赦、白人至上主义的风格

宫崎骏在1965年10月与东映动画的同事太田朱美结婚，并育有两子

长子宫崎吾朗于1967年1月出生，是吉卜力工作室在2006年7月公映的作品《地海战记》的导演

次子宫崎敬介则在1970年4月出生，是一位木版画家

由于宫崎骏过于投入工作，对他与宫崎吾朗的关系产生负面影响，宫崎吾朗曾提及宫崎骏的印象：“他是一百分的导演，却是个零分的爸爸。”